787 yılında Hristiyanlıkla ilgili önemli kararların alındığı Ayasofya, 1331'de Orhan Gazi'nin İznik'i fethetmesiyle camiye çevrildi. 2002 yılında inanç turizmi dahilinde dünya Ortodoks din adamları burada toplu ayinler yaptı. Bursa Vakıflar Bölge Müdürlüğü kararıyla 2007 yılında restorasyon dahiline alınan Ayasofya, 6 Kasım 2011 tarihinde Kurban Bayramı'nın 1. günü minaresinden sabah ezanı okunup, bayram namazı kılınmasıyla tekrar cami olarak ibadete açıldı.Eski İznik Müze Müdürü Taylan Sevil, 'Burası önemli bir ziyaret merkeziyken, ne yazık ki hatalı restorasyonlar yapıldı. Hele cam, kapı ve pencerelerin pimapen yapılması yanlış. Yapılanlar kesinlikle onarım ve restorasyona sığmaz. Bunlar tarihi yapı ile hiç bir uyum sağlamamaktadır. Onarım ve restorasyon tarihi yapılarda aslına uygun olarak yapılır ve aslına uygun malzeme kullanılır. Gördüğünüz cam kapının ebatları, şekli, şemali antik çağlarda görülmemiş şey. Ayasofya'nın iç bölümlerinde ise mümkün mertebe çok sayıda tadilat yapıldı. Bu ne yazık ki tezat teşkil etmektedir' dedi.Sevil, şunları söyledi:'Çatının orijinali böyle değil. Orijinal kurşunla olanıdır. Bugün orijinal olmayan alaturka kiremit ve ahşaplarla yapı kapatıldı. Benim şahsi düşüncem, mevcut binaya dokunmadan üzerine koruyucu çatı örtülmeliydi'.