Kupaya 3. turda katılan Balıkesirspor Baltok bu turda Amed Sportif'i 5-0 ile geçmeyi başardı. 4. turda TFF 2. Lig ekiplerinden Pendikspor'u 3-1 ile eleyen kırmızı-beyazlılar 5. turda Spor Toto Süper Lig takımlarından Çaykur Rizespor ile eşleştir. Deplasmanda rakibini 2-0 mağlup eden Balıkesirspor Baltok evinde de rakibiyle 1-1 berabere kalarak adını son 16'ya yazdırdı.Balıkesirspor Baltok tarihinde Türkiye Kupasında en başarılı sezonunu 1970-1971 sezonunda yaşadı. 1. turda İzmir Denizgücü'nü 3-0 ve 1-0 ile geçen Balıkesirspor 2.turda Denizlispor 2-0 ve 0-1 ile geçti ve çeyrek finalde Göztepe ile eşleşti. 2 maçta da rakibine 1-0 kaybeden Balıkesirpor Baltok çeyrek finalde kupaya veda etti.2013-2014 sezonunda da son 16 takım arasına kalan Balıkesirspor Baltok bu dönemde kupaya 2. turda katıldı. 2. turda Bartınspor'u 7-1 ile geçen Balıkesirspor Baltok 3.turda Konya Anadolu Selçukluspor'u da 2-0 ile eledi. 4.turda Süper lig ekibi Trabzonspor'u da 3-1 ile mağlup eden Balıkesirspor Baltok 5.turda Galatasaray'ın rakibi oldu. İstanbul'da oynanan maçta Galatasaray'a 4-0 kaybeden Balıkesirspor Baltok'un kupa macerası sona erdi.16. tur müsabakaları kura çekimi 21 Aralık 2018 Cuma günü TFF Hasan Doğan Milli Takımlar Kamp ve Eğitim Tesisleri'nde yapılacak. Orhan Saka Konferans Salonu'nda saat 11.00'de gerçekleştirilecek kura çekimi törenine Federasyon yetkilileri ve kulüp temsilcileri katılacak. Şu ana ana kadar Balıkesirspor Baltok ile adını son 16'ya yazdıran takımlar şunlar: Galatasaray, Medipol Başakşehir, Göztepe, Ümraniyespor, Bodrumspor