Muğla'nın Yatağan ilçesine bağlı Bozüyük Mahallesi'nde aslına uygun restore edilmesi için 2014 yılında dönemin Valisi Amir Çiçek tarafından 'Kanuni Yolu' projesi kapsamında çalışma başlatıldı. Cami ile birlikte han ve bir de köprü bulunuyordu.Restorasyon çalışmalarının başlamasının ardından cami, han ve köprüde çalışmalar başlatıldı. Yatağan Belediyesi tarafından hazırlanan proje Muğla Koruma Kurulu tarafından onaylandı. Restorasyon işlemleri sırasında tarihi köprüde yapılan restorasyonda önce köprünün bir bölümüne beton döküldü. Beton dökülen köprü aşırı yağışlar nedeniyle ayağının bir bölümü çöktü. Beton skandalının ardından bu defa da caminin kapı ve pencereleri ahşap yerine metal pencere ve kapı takıldı.Restorasyonu yapan firma işin tamamlanması üzerine restorasyon bedeli olan 1 milyon 258 bin lira talep etti. Yatağan Belediyesi tarafından işin bedelinin Muğla Valiliği Yatırım İzleme Koordinasyon Kurulu'na yazı yazarak hak edişin ödenmesini talep etti. Muğla YİKOP ödeme yapılacak işin restorasyon alanında yaptığı incelemede restorasyon işinin aslına uygun yapılmadığını tespit ederek ödeme yapılması için işin aslına uygun yapılması gerektiğini, Taşınmaz Kültür Varlıklarının Korunmasına Ait Katkı Payına Dair Yönetmelik hükümleri gereği, ihale bedelinin yüzde 36.65'lik bölümünü ödedi. Restorasyon bedelinin büyük bölümünü alamadığını iddia eden firma yetkilileri ise Yatağan Belediyesinden davacı oldu.Yatağan Belediye Başkanı Haşmet Işık, aslına uygun yapılamadığı öne sürülen Kanuni Cami restorasyonu ile ilgili olarak yüklenici firma tarafından şu anda olayın yargı safhasına taşındığını belirtti.