Amasya'nın Yıldırım Bayezid tarafından Osmanlı topraklarına katılması sonrası kalede fethin sembolü olarak bir caminin inşa edildiğinin bilindiğini anımsatan Kazı Başkanı İstanbul Üniversitesi Öğretim Üyesi Doç. Dr. Emine Dönmez, 'Evliya Çelebi Seyahatnamesi'nde Amasya Kalesi'nde Yıldırım Han Camisi'nden söz ederek 'tavanlarının göğe yükseldiğini' belirtmişti. Caminin kalıntıları tarafımızdan yürütülen kazıda ortaya çıkarılmıştır' dedi.Kare planlı yapının kuzey batı yönünde minaresinin yer aldığını, muhtemelen ahşap dikmeli ve çatılı olduğunu düşündüklerini belirten Doç. Dr. Dönmez, 'Ele geçen çok sayıdaki çivi, mıh ve kapı aksamları, söz konusu caminin ahşap elemanları olduğunu düşündürmektedir' diye konuştu.2008 yılında Amasya Müzesi'nin kurtarma kazısı yaptığı alanda 2010 yılında yürütülen arkeojeofizik çalışmalarında bazı duvarların tespit edildiğini anımsatan Emine Dönmez, 'Alanının kuzeyinde Roma döneminden kalma bir ateş sunağının kaide boşluğu yer alır. Burada bir ateş sunağı olduğu düşüncesi Amasya'da basılan İmparator Alexander Severus dönemine ait bir gümüş sikke üzerindeki Harşena Dağı betimlemesidir. Söz konusu sikkede kalede tapınaklar ve tepede ateş sunağından yükselen alevler görülmektedir. Ateş sunağının kaide boşluğunun kalede bulunan Yıldırım Camisi'nin minaresinin kaidesi olarak kullanıldığı düşünülmektedir. Kazı döneminin sonunda gerçekleştirdiğimiz hava fotoğrafı çekiminde bu alanda kare planlı bir temel duvarı ve kuzey batısındaki minarenin kaidesi olduğu düşünülen ateş çukuru temel boşluğu net olarak görülmektedir. Bu değerlendirmeler söz konusu duvarların Yıldırım Camisi kalıntıları olabileceği düşüncemizi kuvvetlendirmektedir' şeklinde konuştu.Bakanlık temsilcisi olarak Kocaeli Müzesinden Ramazan Sayim'in takip edip Afyon Kocatepe Üniversitesinden Dr. Öğretim Üyesi Şeyda Algaç'ın başkan yardımcılığını üstlendiği ve 4 sanat tarihçisi, 2 arkeolog ile 2 öğrenciyle süren kazıda sokak döşemesinin de ortaya çıktığını değinen Dönmez, söz konusu mimari buluntuların Osmanlı arkeolojisi için çok önemli keşifler olduğunu vurguladı.